Budynek szkoły został wzniesiony w 1912 r. i do 1945 służył Niemcom. Kiedy po II wojnie światowej Czernina powróciła do Macierzy, we wrześniu 1945 r. pod okiem trzech nauczycielek – Joanny Brylińskiej, Aleksandry Swidowej i Eleonory Nowickiej rozpoczęło naukę w tutejszej szkole 180 dzieci osadników polskich. Zimą tegoż roku zorganizowano też pierwszy kurs II stopnia dla dorosłych, a później (w 1949 r.) kurs dla analfabetów i kurs dokształcający.

W 1948 roku mury szkoły opuściło pierwszych 19 absolwentów. W latach pięćdziesiątych, sześćdziesiątych i siedemdziesiątych, poza pracą dydaktyczno-wychowawczą z dziećmi, co trzy lata organizowano kursy, dające dorosłym szansę zdobycia świadectwa ukończenia szkoły podstawowej.

Aby polepszyć bazę szkoły w roku 1967 pozyskano salę gimnastyczną przy ul. Leśnej, a w 1973 otwarto w budynku przedszkola świetlicę szkolną z dożywianiem.

https://sites.google.com/a/zsczernina.edu.pl/zspgip/o-szkole/szkola_1933.jpg?attredirects=0
Budynek szkoły - 1933 r.

https://sites.google.com/a/zsczernina.edu.pl/zspgip/o-szkole/szkola_1945.jpg?attredirects=0
Budynek szkoły przed rozbudową - 1989 r.

Budynek szkoły po rozbudowie - 1995 r.

Od roku 1988 podjęto starania o rozbudowę szkoły, ale dopiero w 1992 z inicjatywy ówczesnej dyrektor Ireny Krzyszkiewicz i przewodniczącego Społecznego Komitetu Rozbudowy Szkoły Stanisława Kwiatka udało się zorganizować spotkanie z władzami województwa i pracownikami Kuratorium, po którym pomysł dobudowania do istniejącego budynku szkoły 7 izb lekcyjnych oraz pomieszczeń socjalnych i sanitariatów został wciągnięty do planu inwestycji prowadzonych przez Kuratorium Oświaty w Lesznie.

W 1993 rozpoczęto rozbudowę szkoły, a jej zakończenie nastąpiło 31 sierpnia 1995 r.

Do czerwca 2005 roku szkołę w Czerninie ukończyło 2142 uczniów, uczyło w niej 116 nauczycieli, a funkcję kierowniczą powierzono 11 (Aleksandra Swidowa, Stanisław Krechowicz, Józef Maliszewski, Kazimierz Wojciechowski, Edward Prajsner, Władysław Woroniak, Wiktor Gil, Antoni Arendarczyk, Irena Krzyszkiewicz, Waldemar Bressa, aktualnie Dorota Adamska).

Przez cały ten okres szkoła tętniła bogatym życiem artystycznym (chór szkolny, teatrzyk kukiełkowy, zespół taneczny, orkiestra szkolna) i rozwijała uzdolnienia uczniów, dając im możliwość pracy w różnych kołach przedmiotowych (polonistyczne, matematyczne, przyrodnicze, informatyczne, plastyczne).

Dużą rolę w kształtowaniu postaw dzieci odegrały organizacje młodzieżowe działające na terenie szkoły, przede wszystkim Samorząd Uczniowski, Związek Harcerstwa Polskiego, Polski Czerwony Krzyż, Spółdzielnia Uczniowska, Szkolny Klub Sportowy.

Z dniem 1 września 2002 r. powołano Zespół Szkoła Podstawowa i Gimnazjum w Czerninie, a z dniem 1 września 2003 r. Zespół Szkoła Podstawowa Gimnazjum i Przedszkole w Czerninie.

21 października 2005 r. podczas uroczystości 60-lecia istnienia Szkoły nadano imię św. Huberta.

1 września 2017 r. Zespół zmienia nazwę na Zespół Szkoła Podstawowa i Przedszkole im. św. Huberta w Czerninie, w skład którego wchodzi ośmioletnia szkoła podstawowa i przedszkole.